Современные генетические технологии активно применяются в сельском хозяйстве. Анализ геномов разных пород позволяет выявлять гены и их варианты, которые связаны с конкретными признаками животных. Эти данные могут быть использованы для отбора маркеров для селекции желаемых признаков или кандидатов-мишеней для редактирования генома.

В рамках Программы развития ЦГИМУ «Курчатовский Геномный Центр», ученые Института цитологии и генетики СО РАН изучают генетический контроль мясной продуктивности овец, используя современные методы количественной генетики. В частности, новосибирскими учеными была создана платформа GWAS-MAP|ovis, которая позволяет осуществлять агрегацию, унификацию, визуализацию результатов полногеномных исследований овец и проводить дополнительный анализ этих данных. Такой подход позволил найти 12 локусов, связанных с мясной продуктивностью овец, 8 из которых были выявлены впервые. Веб-интерфейс платформы находится в открытом доступе по адресу https://pheligeovis.icgbio.ru/.

«Овцеводство – одна из важнейших отраслей сельского хозяйства. В настоящее время самым популярным продуктом овцеводства является именно мясо, хотя до недавнего времени, в селекции овец больше внимания уделялось признакам, связанным с качеством шерсти. В отличие от крупного рогатого скота, сведений о локусах и генах овец, ассоциированных с различными экономически важными признаками, известно существенно меньше» – отметил младший научный сотрудник ИЦиГ СО РАН Александр Злобин.

При наполнении платформы исследователи столкнулись с разными сложностями. Главной из них стало отсутствие доступа к полногеномным данным в опубликованных статьях. Из 46 проанализированных публикаций только одно исследование предоставило доступ к полногеномным данным в нужном формате. «Также одной из проблем было отсутствие общепринятых стандартов для проведения полногеномных исследований ассоциаций овец, каждый исследователь выбирал свои собственные стандарты и ограничения», – рассказал Александр Злобин.

В результате проделанной учеными работы, платформа GWAS-MAP|ovi была наполнена унифицированными данными, прошедшими «контроль качества». Их анализ и позволил обнаружить новые локусы, для которых выявлено 13 генов, которые потенциально могут регулировать признаки мясной продуктивности.

Ученые уже применили созданную платформу для оценки племенной ценности российских пород овец. Полученные данные сопоставили с реальными данными о 94 животных - гибридах романовской породы овец и архара, предоставленными коллегами из ВИЖ им. Л. К. Эрнста (г. Москва) и подтвердили высокий предсказательный потенциал созданной платформы.

Источник: Пресс-служба ИЦиГ СО РАН.