Сергей Николаевич Авдеев родился 27 февраля 1968 года.

В 1993 году с отличием окончил Российский государственный медицинский университет имени Н. И. Пирогова, в 1999 году — стажировался во Франции в госпитале Pitié-Salpêtrière. В 1999 году защитил кандидатскую диссертацию по проблемам неинвазивной вентиляции лёгких, в 2004 году − докторскую диссертацию по проблеме острой дыхательной недостаточности у больных ХОБЛ. Заведующий кафедрой пульмонологии лечебного факультета Первый МГМУ имени И. М. Сеченова (Сеченовский университет), заведующий клиническим отделом «НИИ Пульмонологии» ФМБА России. 

В 2016 году избран членом-корреспондентом РАН. В 2022 году избран академиком РАН.

В сферу профессиональных интересов входят дыхательная недостаточность, тяжёлые формы ХОБЛ, интерстициальные заболевания лёгких, лёгочная гипертензия, неинвазивная вентиляция лёгких.

Основные научные результаты:

•‎ разработал и внедрил в практику методы неинвазивной респираторной поддержки при острой и хронической дыхательной недостаточности, новые методы терапии лёгочной гипертензии различного генеза, включая ингаляционный оксид азота и препараты простациклина;

•‎ разработал и внедрил в практику методы ранней диагностики и эффективной терапии у больных с редкими заболеваниями лёгких, включая идиопатический лёгочный фиброз, интерстициальные пневмонии, лимфангиолейомиоматоз;

•‎ внедрил в практику методы мобилизации и удаления секрета из дыхательных путей с помощью высокочастотных осцилляций грудной клетки и внутрилёгочной перкуссионной вентиляции;

•‎ разработал и внедрил в практику методы обследования и подготовки пациентов с терминальной дыхательной недостаточностью для двусторонней трансплантации лёгких.

Автор более 700 научных работ, статей, глав монографий и монографий, в том числе и зарубежных.

Научный редактор медицинских журналов «Пульмонология» и «Альманах респираторной медицины» член редколлегии пяти медицинских журналов.

Награждён: 

•‎ Премией Правительства Российской Федерации в области науки и техники (в составе группы, за 2002 год) – за разработку и практическое применение новых методов диагностики, лечения, прогнозирования и профилактики первичной, резидуальной и вторичной лёгочной гипертензии.

•‎ Премией Правительства Российской Федерации в области науки и техники (в составе группы, за 2010 год) – за повышение эффективности диагностики и лечения острого респираторного дистресс-синдрома (ОРДС) на основе разработки и внедрения новейших медицинских технологий.

•‎ Премией «Призвание» (в составе группы, за 2009 год).

•‎ Орденом Пирогова (2020) – за большой вклад в борьбу с коронавирусной инфекцией (COVID – 19), самоотверженность и высокий профессионализм, проявленные при исполнении врачебного долга.