Александр Иванович Костяев родился 28 октября 1946 года в д. Черемисы Богородского района Кировской области. Учился в Парагаевской начальной, Спасской восьмилетней и Ухтымской средней школах, расположенных от родного дома на расстояниях, соответственно — 5, 8 и 12 километров.

В школьные годы летом работал помощником комбайнёра (штурвальным), после 10 класса преподавал в восьмилетней школе, затем три года служил на пограничной заставе имени И.П. Латыша в Азербайджане. Далее — учитель географии и физкультуры (1968–1972), директор школы (1972–1975) в Кировской области.

В 1973 году окончил географический факультет Пермского государственного университета им. А.М. Горького. В 1975–1978 гг. — аспирант Ленинградского государственного университета им. А.А. Жданова. Затем — в НИИ экономики и организации сельскохозяйственного производства Нечернозёмной зоны (с 1998 г. — Северо-Западный НИИ экономики и организации сельского хозяйства, с 2020 года — Институт аграрной экономики и развития сельских территорий, структурное подразделение Санкт-Петербургского Федерального исследовательского центра РАН): младший научный сотрудник (1979–1980), старший научный сотрудник (1980–1981), заведующий лабораторией экономических и социальных проблем развития Севера (1981–1987). В 1987–2017 гг. — директор ФГБНУ «Северо-Западный НИИ экономики и организации сельского хозяйства». В последующем — главный научный сотрудник Института аграрной экономики и развития сельских территорий (ИАЭРСТ) в составе СПб ФИЦ РАН.

В 1979 году защитил кандидатскую диссертацию «Экономико-географические факторы и проблемы развития территориального аграрно-промышленного комплекса Кировской области» по специальности «Экономическая и социальная география», в 1987 году защитил докторскую диссертацию «Агропромысловое хозяйство Севера: проблемы комплексного развития» на соискание учёной степени доктора географических наук. В 2006 году по совокупности научных трудов на основе защиты диссертации на тему «Территориальная дифференциация сельскохозяйственного производства (теория, методология и методы исследования)» ему была присуждена учёная степень доктора экономических наук. В 1991 году присвоено звание профессора по кафедре экономики сельского хозяйства, а в 2005 году — профессора по специальности «Экономика и управление народным хозяйством».

Член-корреспондент РАСХН с 1990 года, академик РАСХН с 1999 года, академик РАН с 2013 года — Отделение сельскохозяйственных наук.

Академик А.Н. Костяев — видный учёный в области методологии и методов региональных агроэкономических исследований, стратегического планирования в АПК, реформирования аграрного сектора на региональном уровне, решения экономических и социальных проблем развития агропромыслового хозяйства Севера, развития сельских территорий.

Создал научную школу по комплексному решению экономических и социальных проблем развития АПК на региональном уровне. Им выдвинуты принципиально новые для науки и практики теоретические положения, вскрывающие действия объективных рыночных законов, формирующих территориальную неоднородность в развитии сельского хозяйства и агробизнеса, обоснованы направления региональной политики, позволяющие смягчить негативные последствия рынка в аграрном секторе экономики страны, исследованы закономерности и механизмы развития сельских территорий.

Ключевыми достижениями А.Н. Костяева стали разработка теории и методологии территориальной дифференциации сельскохозяйственного производства, вопросов обеспечения национальной и региональной продовольственной безопасности, комплексного развития сельского и промыслового хозяйства Севера, методологии исследования депрессивности территорий муниципальных районов, рентного подхода к развитию сельских территорий. Он обосновал концепцию эндогенного развития сельских территорий для России, сделав акцент на использовании местных ресурсов, развитии инициативы сельских сообществ и диверсификации экономики.

В научной биографии А.И. Костяева выделяются три направления исследований: поиск теоретических и методических решений экономических и социальных проблем развития сельского и промыслового хозяйства Севера; обоснование теоретико-методологических основ развития агропромышленного комплекса в условиях плановой, переходной и рыночной экономики; изучение тенденций, закономерностей и обоснование парадигм устойчивого развития сельских территорий.

Крупный вклад А.И. Костяева в агроэкономическую науку по первому направлению состоит в теоретическом, методическом и научно-практическом решении проблемы комплексного развития агропромыслового хозяйства в условиях Арктики, народнохозяйственное, социальное и политическое значение которого в период переходной экономики и в кризисных условиях ещё более возросло. Им определены сущность и принципиальные различия процессов комплексообразования и комплексного развития агропромыслового хозяйства, обоснована сущность сочетания общего, типологического и специфического в развитии агроэкономических объектов. Выработана концепция решения региональных проблем агропромыслового хозяйства на основе типологической систематизации районов. Определены методологические основы рационализации агробиоресурсопользования, формирования продовольственных ресурсов, решения социальных проблем, совершенствования межрегиональных связей, которые в совокупности обеспечивают комплексное развитие производительных сил в сельской местности Арктической зоны. Значительным вкладом в науку являются разработанные им и многократно реализованные оригинальные экономико-математические модели развития и размещения агропромыслового хозяйства Севера линейного и линейно-динамического типа.

А.И. Костяевым была предложена, прошла широкую апробацию и внедрение принципиально новая методика разработки систем ведения сельского и промыслового хозяйства на локальном уровне, основанная на целевом подходе, методах декомпозиции и экспертных оценок, сводящая к минимуму субъективизм в принятии стратегических управленческих решений. Им впервые было введено и реализовано на практике понятие гибкой методической системы, которая обеспечивает быструю и эффективную привязку типовой структурной модели системы ведения хозяйства к конкретным специфическим условиям того или иного сельскохозяйственного предприятия. В условиях кризиса применение данного подхода позволяет оперативно вносить коррективы в принятую и реализуемую систему ведения хозяйства в зависимости от складывающейся экономической ситуации.

По второму направлению А.И. Костяевым выдвинуты значимые для науки и практики положения о необходимости рационального сочетания различных форм собственности и хозяйствования в соответствии с социально-экономической нишей для каждой из них и последующим объединением в единый хозяйственный процесс, что способствовало прекращению антагонистического противопоставления их друг другу. Обоснована методология исследования проблемы территориальной неоднородности сельскохозяйственного производства, в рамках которой на базе использования теорий земельной ренты, кумулятивной причинности, поляризованного развития и размещения, решаются проблемы избыточной дифференциации и поляризации аграрного развития регионов. На основе методологии типологического подхода отработана система дифференциации сценариев перспективного развития для сельских территорий с неблагоприятной и критической социально-экономической ситуацией, приграничных, северных и депрессивных территорий.

Сформулирована научная гипотеза преодоления депрессивности сельских территорий, осуществлена её проверка эмпирическими и теоретическими методами, проведена интерпретация полученных результатов. Обоснованы новые теоретические положения, полученные в процессе исследования, и результаты исследования проверены на научность. Как один из путей преодоления депрессивности, предложен переход от отраслевого подхода к развитию сельской местности к территориальному, ориентированному на использование внутренних ресурсов сельских районов, диверсификацию видов экономической деятельности товаропроизводителей.

Им предложена новая парадигма обеспечения продовольственной безопасности России, позволяющая исключить зависимость аграрного производства страны от импорта племенного и семенного материала, зарубежных технологий и технических средств, ветеринарных препаратов, кормов и компонентов для их производства.

По третьему направлению А.И. Костяев предложил переход к новой парадигме развития сельских территорий, предполагающей получение дополнительного экономического эффекта от использования локального ресурсного потенциала, социального и человеческого капитала, которые до сих пор должным образом не включены в процесс активизации экономики сельской местности. Для этого разработал алгоритм подготовки стратегии развития сельских территорий, обеспечивающий научно-методическое сопровождение перехода от экзогенной, к эндогенной и неоэндогенной парадигмам сельского развития.

Одним из первых А.И. Костяев выдвинул положение о многофункциональной роли сельской местности в общественном развитии страны и необходимости учёта этого при формировании структуры государственного бюджета. Дальнейшее развитие концепции многофункциональности сельских территорий предложено осуществлять через процессы представления их в качестве потребительских пространств и формирования этих пространств на основе купли-продажи материальных и нематериальных атрибутов. Формирование потребительского пространства для каждой конкретной сельской территории рекомендовано осуществлять через определение её географического образа, формирование имиджа и создание бренда на основе имеющихся природных и культурных ландшафтов, этноисторико-культурных особенностей, рекреационных ресурсов и прочих туристических объектов.

А.И. Костяев изучает проблему цифрового неравенства между городом и селом. Большой вклад в решение продовольственной проблемы и реализацию стратегии импортозамещения на территории Северо-Западного федерального округа, как и в стране в целом, вносят агрохолдинги, — считает А.Н. Костяев. Вместе с тем, расширение их деятельности и укрупнение производства вступают в определённые противоречия с целями развития сельских территорий. Развитие сельских территорий в этих условиях необходимо осуществлять на основе создания агрохолдингов «снизу», то есть местными предпринимателями, обеспечивая занятость местных жителей, а также посредством создания сельскохозяйственных потребительских кооперативов и территориальных общественных сообществ. Он исследует процессы трансформации сельского пространства под влиянием крупных мегаполисов, анализируя влияние центр-периферийных отношений на дифференциацию и поляризацию территорий.

В разные годы под руководством А.И. Костяева и при его непосредственном участии (в качестве ответственного исполнителя) были разработаны концепции и программы развития АПК и его отраслей в Вологодской, Кировской, Ленинградской, Новгородской, Пермской и Рязанской областях, а также в Республике Карелия. Проведён мониторинг реализации приоритетного национального проекта «Развитие АПК» в Вологодской, Калининградской, Ленинградской и Новгородской областях.

Почти треть века А.Н. Костяев был директором ФГБНУ «Северо-Западный НИИ экономики и организации сельского хозяйства». За эти годы Институт прошёл путь от профильного НИИ для Нечернозёмной зоны до структурного подразделения крупного федерального исследовательского центра, сохранив при этом свою научную специализацию на экономических проблемах агропромышленного комплекса и развития сельских территорий.

Институт под руководством А.Н. Костяева стремился к комплексному подходу, увязывая экономические, социальные и экологические аспекты развития сельских территорий. В 2020 году Институт преобразовали — теперь он называется Институт аграрной экономики и развития сельских территорий (ИАЭРСТ) и входит в состав Санкт-Петербургского Федерального исследовательского центра РАН — но его исторические задачи и ключевые направления исследований сохранились.

А.Н. Костяев является основателем научной школы в области региональной агроэкономики — им подготовлено 24 кандидата и 11 докторов наук.

Им опубликовано около 400 научных трудов, из них 27 монографий в области экономики и управления агропромышленным комплексом, методологии и теории региональных агроэкономических исследований, обеспечения продовольственной безопасности, устойчивого развития сельских территорий. Специалистам известны труды, написанные индивидуально или в соавторстве: «Агропромысловое хозяйство Севера: проблемы комплексного развития», «Развитие личных подсобных хозяйств в условиях перехода к рыночным отношениям», «Основы теории аграрного рынка», «Региональные агроэкономические исследования и разработки: методология и методы», «Управление процессами в экономических системах различного типа», «Территориальная дифференциация сельскохозяйственного производства: вопросы методологии и теории», «Организационно-экономический механизм устойчивого развития сельских территорий Северо-Запада Российской Федерации (анализ и предложения по совершенствованию)», «Методология исследования проблем депрессивности территорий муниципальных районов», «Концептуальные подходы к развитию сельских территорий с учётом европейского опыта», «Обеспечение продовольственной безопасности России: региональный аспект», «О необходимости новой парадигмы продовольственной безопасности России», «Национальная и региональная продовольственная безопасность», «Территориальное разделение труда в аграрной сфере: теоретический базис и российская практика», «Состояние и перспективы развития продовольственной системы России (на примере молочной индустрии)», «Оценка вклада регионов в формирование продовольственных ресурсов страны», «Концептуальные основы обеспечения продовольственной безопасности России», «Экономические проблемы обеспечения продовольственной безопасности регионов Российской Федерации», «Государственное регулирование земельных отношений в аграрном секторе на основе стратегического управления», «Институциональная среда в сельской местности: проблемы формирования и оценка её результативности», «Дифференциация сельского пространства: закономерности и движущие силы», «Особенности и тенденции дифференциации сельского пространства Северо-Запада», «Цифровое неравенство между городским и сельским населением», «Трансформация сельского пространства в регионах с крупным мегаполисом», «Dynamics of Differentiation of Rural North-West of Russia: Main Trends and Features», «Digital inequality between urban and rural population», «Rural Digitalization in the Context of European Approaches and Practices: Scoping Review. Ekonomika regiona», «Socio-economic Problems of Digital Transformation of Rural Areas», «Agriculture Digitalization and Organic Production», «Дифференциация направлений цифровизации сельских территорий (на примере Северо-Запада)», «Developing territorial differentiation processes of agricultural production in the Non-Black Earth Region and their current trends», «К вопросу о научных основах разработки стратегий развития сельских территорий», «Rural areas of Russia’s North-West borderland: problems and development paths» и др.

Член редколлегии научных журналов «АПК: экономика, управление», «Экономика сельского хозяйства России», «Научное обозрение: теория и практика», «Аграрная наука Евро-Северо-Востока», «Фундаментальные и прикладные исследования кооперативного сектора экономики», «Труды Кубанского государственного аграрного университета», «Уфимский гуманитарный научный форум».

На протяжении длительного времени являлся членом Совета по вопросам агропромышленного комплекса и природопользования при Председателе Совета Федерации Федерального Собрания Российской Федерации.

Эксперт РАН, член Объединённого научного совета СПбО РАН по агробиотехнологиям и продовольственной безопасности, в 1991–2014 гг. возглавлял Совет по защите докторских и кандидатских диссертаций при Северо-Западном НИИ экономики и организации сельского хозяйства по специальности «экономика и организация народного хозяйства» (АПК и сельское хозяйство, региональная экономика). В разные годы являлся членом диссертационных советов в Санкт-Петербургском государственном университете, Санкт-Петербургском государственном аграрном университете, Новгородском государственном университете им. Ярослава Мудрого, Вологодской молочно-хозяйственной академии им. Н.В. Верещагина, Санкт-Петербургском государственном экономическом университете. В настоящее время — член диссертационного совета в Ленинградском государственном университете имени А.С. Пушкина.

Награждён медалью ордена «За заслуги перед Отечеством» II степени, медалью «В память 300-летия Санкт-Петербурга».

Удостоен почётных грамот Совета Федерации Российской Федерации, Министерства сельского хозяйства Российской Федерации, ВАСХНИЛ, Россельхозакадемии, РАН.

Ему присвоено звание «Почётный работник агропромышленного комплекса России».

Отмечен юбилейной медалью «300 лет Российской академии наук», Серебряной медалью «За вклад в развитие агропромышленного комплекса России», знаком отличия Ленинградской области «За вклад в развитие Ленинградской области», юбилейным знаком «В память 300-летия Царского Села (г. Пушкина)», юбилейными знаками к 10 и 20-летию экономического факультета Сельскохозяйственной академии в г. Щецине (Польша).