Согласно уставу, одна из главных целей Профсоюза работников РАН – представительство и защита социально-трудовых прав и интересов членов профсоюза. Для ее достижения профсоюз борется за повышение уровня оплаты труда, совершенствование системы оплаты труда, создание благоприятных и безопасных условий труда, повышение социальной защищенности работников.

В рамках партнерства с работодателем профсоюз участвует в контроле за занятостью и соблюдением социальных гарантий.

Работа в консультативных органах, рабочих группах, общественных советах властных структур позволяет принимать участие в совершенствовании законодательства в сфере трудовых отношений.

Благодаря работе в комиссиях Минобрнауки по подготовке проекта ФЗ об изменениях в Трудовой кодекс в части совершенствования механизмов регулирования труда научных работников, руководителей научных организаций и их заместителей, а также участию в корректировке приказов министерства об утверждении порядка проведения конкурсов и аттестаций научных работников профсоюзу в 2004–2005 удалось добиться легализации положений о сохранении трудового договора на неопределенный срок, увеличения временного интервала между аттестациями до пяти лет, исключения возрастного ценза для заведующих научными подразделениями, включения представителей профсоюза в аттестационные и конкурсные комиссиях.

Участие представителей профсоюза в работе комиссии по совершенствованию структуры РАН в 2005–2007 годах позволило не допустить в ходе модернизации академии, проводившейся по инициативе правительства, необоснованных сокращений числа институтов и количества сотрудников.

В тесном взаимодействии с профсоюзом руководство РАН ввело с 2006 года новую систему оплаты труда, а в 2008–2010 годах реализовало пилотный проект по увеличению зарплат ученых. С подачи профсоюза уменьшение числа бюджетных ставок на 20 % было проведено в основном за счет вакансий и перевода сотрудников на внебюджетное финансирование. Была достигнута договоренность, что на следующем этапе пилотного проекта будут увеличены оклады других категорий сотрудников, чего, к сожалению, не произошло из-за реформы академии.

В настоящее время вопросы, связанные с трудовыми отношениями, профсоюз обсуждает с профильным департаментом Минобрнауки.