Работает в области молекулярной биологии и биоорганической химии (структурно-функциональный анализ комплексов белков с нуклеиновыми кислотами
изучение механизма биосинтеза белка).

Научные интересы

Главный научный сотрудник и зам. директора Института физико-химической биологии им. А.Н. Белозерского МГУ, зав. кафедрой химии природных соединений химического факультета МГУ.

Председатель одного и член двух диссертационных советов. Член научных советов РАН по молекулярной биологии и биоорганической химии. Член наблюдательного совета Международного института молекулярной и клеточной биологии (Варшава, Польша). 

Зам. главного редактора журнала «Биохимия»
член редколлегии журнала «Биоорганическая химия». 

Председатель Экспертного совета по биологии и медицине РФФИ. Член комиссии по биомедицине Государственной думы РФ.

Читает в Московском университете курс «Химия биологических процессов», руководит работой двух аспирантов. 

Научные публикации

Автор и соавтор четырёх учебников и 200 научных статей, в т. ч.:

• Агол В.И., Богданов А.А., Гвоздев В.А., Грагеров А.И., Колчинский А.И., Мирзабеков А.Д., Никифоров В.Г. «Молекулярная биология. Структура и биосинтез нуклеиновых кислот» - М., Высшая школа, 1990, (учебник).
• Shabarova Z.A. and Bogdanov A.A. "Advanced Organic Chemistry of Nucleic Acids" VCH, Weincheim-New York-Basel-Cambridge, 1994, (учебник).
• Шабарова З.А., Богданов А.А. и Золотухин А.С. "Химические основы генетической инженерии" Издательство Московского университета, 1994, (учебник).
• Shatsky I.N., Bakin A.V., Bogdanov A.A., Vasiliev V.D. How does the mRNA pass through the ribosome? - Biochimie, special issue, 1991, 73, 937-945.
• Bogdanov A., Lavrik I., Dokudovskaya S., Dontsova O., Structure and function of 5S rRNA in the ribosome. - Biochemistry and Cell Biology, 1995, 73, 869-876.
• Bogdanov A.A. Physico-chemical Studies of Ribosomal RNA Structure. In "Ribosomal RNA. Structure, Evolution, Processing, and Function in Protein Biosinthesys" (R.A.Zimmermann and A.E.Dahlberg, eds) - CRC Press, 1996, 149-170.
• Сергиев П.В., Лаврик И.Н., Докудовская С.С., Донцова О.А., Богданов А.А. Строение декодирующего центра рибосомы. - Биохимия, 1998, 63, 1129-1143.
• Sergiev P., Leonov A., Dokudovskaya S., Spanchenko O., Dontsova A., Bogdanov A., Rinke-Appel J., Mueller F., Osswald M., von Knoblauch K., Bimacombe R. Correlating the X-ray structures for halo- and thermophilic ribosomal subunits with biochemical data for the Escherichia coli ribosomes. Cold Spring Harbor Symposia on Quantitative Biology, Vol. LXVI – The Ribosome, CSH Laboratory Press. 2001.
• Sergiev P., Bogdanov A., Dontsova O., Ribosomal RNA guanine-(N2)-methyltransferases and their targets. – Nucleic Acid Res., 2007,35, 2295-301. 

Премии и награды

• Государственная премия СССР по науке и технике, 1986 г.
• Фулбрайтовская премия (США), 1976 г. 
• Ломоносовская премия МГУ, 1997 г. 
Премия им. Александра фон Гумбольдта, ФРГ, 2000 г.
Премия им. М. М. Шемякина РАН, 2001 г.