Видный ученый в области селекции плодовых культур. Под его руководством и при непосредственном участии созданы 80 сортов яблони и 16 сортов груши, из них включено в Госреестр селекционных достижений (районировано) 53 сорта яблони и 7 сортов груши. Впервые в мире создано 19 триплоидных сортов яблони от интервалентных скрещиваний, отличающихся более регулярным плодоношением, с высокотоварными плодами и повышенной самофертильностью.
Опубликовано более 900 научных трудов, в том числе 45 книг и брошюр. Ряд трудов опубликовано за рубежом. Имеет 58 патентов на изобретения и сорта и столько же авторских свидетельств.
Под редакцией и с участием Седова Е. Н. впервые в России выпущено пятитомное издание «Помологии России», первое и второе издания краткого биографического справочника «Садоводы ученые России» (1997 и 2016 гг.)