Автор более 150 научных статей, 2 монографий и 4 патентов. Индекс Хирша по РИНЦ – 22.

Основные научные результаты Ильиной Е.Н:
- разработаны и внедрены в медицинскую практику молекулярные геномные и протеомные подходы системного анализа возбудителей воспалительных заболеваний человека

- на молекулярном уровне исследован вклад кишечного биотопа человека в патогенез синдрома алкогольной зависимости, алкогольного цирроза и воспалительных заболеваний кишечника

- разработан и внедрен в практику способ терапевтической коррекции кишечной микробиоты фекальной трансплантацией.

Ильина Е.Н. ведет преподавательскую работу в Российском национальном исследовательском медицинском университете им. Н.И. Пирогова, Московском физико-техническом институте, в Российской медицинской академии постдипломного образования и в Институте повышения квалификации ФМБА России, под её руководством защищены 1 докторская и 8 кандидатских диссертаций.

Ильина Е.Н. - член Ученого совета ФГБУ «Федеральный научно-клинический центр физико-химической медицины» ФМБА России, диссертационного совета при ФГБНУ «Научно-исследовательский институт биомедицинской химии имени В.Н. Ореховича», является экспертом РАН, РФФИ и РНФ.

Профессор РАН

Член-корреспондент РАН c 15.11.2019 - Отделение медицинских наук (молекулярная медицина)
Специалист в области молекулярной и физико-химической медицины в части исследований патогенеза воспалительных заболеваний человека.