Ковалишин А.А. — специалист в области ядерных технологий и математического моделирования различных физических процессов, автор и соавтор 65 научных работ.

Основные научные результаты Ковалишина А.А.:

— разработаны усовершенствованные методы расчета ядерных реакторов различных типов и созданы программные комплексы на их основе, применяемые для обоснования безопасности и конструкторских решений при проектировании существующих и перспективных ядерных установок;

— разработаны технологии для создания реактора следующего поколения с водой при сверхкритическом давлении (СКД), высокотемпературного газоохлаждаемого реактора (ВТГР), предназначенного для производства водорода, жидкосолевого ядерного реактора, предназначенного для утилизации радиоактивных отходов, растворного ядерного реактора, предназначенного для наработки медицинских изотопов;

— созданы научные основы гибридных систем синтез-деления, которые позволяют объединить существующую ядерную и будущую термоядерную энергетику.

Ковалишин А.А. является дважды лауреатом Курчатовской премии за лучшую научную работу НИЦ «Курчатовский институт», председателем диссертационного совета, членом Учёного совета НИЦ «Курчатовский институт», научно-технических советов № 6 и № 12 Государственной корпорации по атомной энергии «Росатом»