Козлов Ю.А. - специалист в области детской хирургии, автор 266 научных работ, из них 3 национальных руководств для врачей, 6 руководств для врачей, 2 монографий, 3 учебных пособий, 5 авторских патентов РФ. Индекс Хирша РИНЦ – 10, индекс Хирша WEB of Science – 8, индекс Хирша Scopus – 7.

Основные результаты научной деятельности Козлова Ю.А.:

- создано новое направление в хирургии – минимально инвазивная хирургия новорожденных и младенцев;

- разработаны новые и усовершенствованы существующие устройства и технологии выполнения минимально инвазивных операций у детей раннего возраста;

- внедрена в клиническую практику современная стратегия миниагрессивного подхода, предназначенная для лечения аномалий и заболеваний у новорожденных и младенцев.

Козлов Ю.А. является заведующим кафедрой педиатрии и детской хирургии факультета повышения квалификации специалистов ФГБОУ ВО Иркутского государственного медицинского университета. Под его руководством защищена 1 кандидатская диссертация, он является научным консультантом 2 докторских и научным руководителем 2 кандидатских диссертаций.

Козлов Ю.А. - член редколлегии журналов «Journal of Laparoendoscopic Surgery and Advanced Surgical Techniques», «Педиатрия. Журнал им. Г.Н. Сперанского», «Эндоскопическая хирургия», «Детская хирургия», «Российский вестник детской хирургии, анестезиологии и реаниматологии», «Забайкальский медицинский вестник».