Основные исследования Нифантьева Н.Э. посвящены химии и конформационному анализу олиго- и полисахаридов, изучению механизмов реакций гликозилирования, разработке методов стерео- и регионаправленного построения гликозидной связи и сборки углеводных цепей, включая наиболее сложные для изучения вицинально разветвленные и полианионные соединения. На их основе созданы экспериментальные онко- и противомикробные вакцины, которые проходят доклинические испытания. Предложен оригинальный метод переработки природного полисахарида хитозана во флоккулянт радионуклидов для очистки жидких радиоактивных отходов. Значительные достижения получены в области химии лигнанов, порфиринов и других классов природных соединений.

Нифантьев Н.Э. – член редколлегий журналов «Биоорганическая химия» РАН, «Известия АН. Серия химическая» РАН и «Journal of Carbohydrate Chemistry», заместитель председателя Научного совета РАН по органической химии, председатель секции синтеза Ученого совета Института органической химии им. Н.Д. Зелинского РАН, член Отделения органической и биомолекулярной химии ИЮПАК и других научных и экспертных советов.

Награды
Именная премия РАН
Премия имени М.М. Шемякина
Награжден 2013 За цикл работ «Стереонаправленный синтез углеводных цепей гликолипидов и гликопротеинов, а также их конъюгатов для гликобиологических исследований»