Шоба С. А. – ведущий специалист в области морфологии генезиса и экологии почв. Им разработано учение о морфогенезе почв таежно-лесной зоны. Обоснована и применена система методов поэтапного морфогенетического изучения строения и вещественного состава почв. Разработано новое направление в морфологии почв – субмикроморфология, позволившее на основании применения растровой электронной микроскопии и рентгеновского зонда проникнуть в микромир почвенных процессов и объяснить механизм формирования многих свойств почв.
Шоба С.А. - автор более 160 научных работ, в том числе 14 монографий и учебно-методических работ: «Растровая электронная микроскопия почв» – Изд. МГУ, 1978 (соавт. Добровольский Г.В.)
«Микроморфология почв природных зон СССР», Пущино, 1992, (соавт. Герасимова М.И., Губин С.В.)
«Сульфатнокислые почвы Восточной Фенноскандии», изд-во Карельского НЦ РАН, 1997 (соавт. Красильников П.В.)
Шоба С.А. - Курс лекций по основам землепользования, 2006 (соавт. Алябина И.О.)
Шоба С.А. – Морфогенез почв таежно-лесной зоны, 2007 и др.
Шоба С.А. ведет активную педагогическую деятельность, он разработал программы и читает курсы «Микроморфология почв», «Землепользование с основами землеустройства». Неоднократно преподавал на международных курсах по почвоведению и микроморфологии почв (Мехико, 1996, Италия, 2002). Подготовил 15 кандидатов наук. В 1995 году он избран деканом факультета почвоведения МГУ. По его инициативе созданы три новые кафедры, введена в учебный процесс новая специальность – экология. Значительно расширились научные связи с российскими и зарубежными университетами.
Научно-организационная работа Шобы С.А. направлена на развитие почвоведения в системе высшего образования и научно-исследовательских учреждений России. Он - президент Российского общества почвоведов им. В.В. Докучаева, был организатором проведения многих общероссийских и международных конференций и съездов почвоведов
главный редактор журналов «Почвоведение», «Вестник Московского университета», серии почвоведение, председатель Учебно-методического объединения университетов по почвоведению. Член Диссертационного совета по специальности почвоведение при МГУ. Он - член высшего Экологического совета Государственной Думы РФ.
Награжден медалью ордена «За заслуги перед отечеством III степени (2005).