Шутов А.Ю. – специалист в области истории местного самоуправления России, институтов гражданского общества, истории политики и политической науки, автор более 120 научных работ, из них 6 монографий.

Основные научные результаты Шутова А.Ю.:

- исследовано влияние европейских традиций местного самоуправления на становление земских институтов власти России второй половины XIX-начала XX веков, рассмотрены проблемы формирования представительства в земских собраниях;

- исследованы основные подходы, концепции и варианты реформ системы земских представительных учреждений с 1864 по 1917 годы, историческая специфика и последствия действия избирательных систем для регулирования социального состава земских собраний;

- рассмотрены вопросы становления и трансформации предметного содержания политических наук XVIII-XX вв. в европейских и российских университетах, разработана концепция истории политики как научного и учебного направления современной политической науки.

Шутов А.Ю. ведёт преподавательскую работу в МГУ имени М.В. Ломоносова. Подготовил 16 кандидатов и 3 докторов наук.

Шутов А.Ю. – главный редактор журнала «Вестник Московского университета. Серия 12. Политические науки», член Учёного совета МГУ имени М.В. Ломоносова, председатель Учёного совета факультета политологии МГУ имени М.В. Ломоносова, председатель Диссертационного совета МГУ.23.04, председатель Экспертного совета ВАК Минобрнауки РФ по политическим наукам, член Научного совета Российского государственного архива социально-политической истории, член Общественной палаты Российской Федерации.

Награждён медалью ордена «За заслуги перед Отечеством» II степени (2006), орденом Дружбы (2014).