В соответствии с частью 9 статьи 18, частью 12.2 статьи 18 и частью 12 статьи 18 Федерального закона от 27 сентября 2013 г. № 253-ФЗ установлен порядок взаимодействия РАН и Минобрнауки России по следующим вопросам деятельности научных организаций:

• реорганизация и ликвидация;
• внесение изменений в уставы;
• согласование кандидатур руководителей;
• согласование кандидатур руководителей научных направлений и научных руководителей;
• прекращение полномочий руководителей в случае прекращения полномочий в соответствии с пунктом 2 части первой статьи 278 Трудового кодекса Российской Федерации и назначение исполняющих их обязанности.

В соответствии с частью 12 статьи 18 Федерального закона от 27 сентября 2013 г. № 253-ФЗ «руководители научных организаций, переданных в ведение федерального органа исполнительной власти, специально уполномоченного Правительством Российской Федерации, избираются коллективом соответствующей научной организации из числа кандидатур, согласованных с президиумом РАН и одобренных комиссией по кадровым вопросам Совета при Президенте Российской Федерации по науке и образованию, с их последующим утверждением данным федеральным органом исполнительной власти». Порядок и сроки согласования и утверждения кандидатур на должность руководителя научной организации, переданной в ведение федерального органа исполнительной власти, специально уполномоченного Правительством Российской Федерации, устанавливаются Правительством Российской Федерации.

Постановлением президиума РАН от 26 октября 2021 г. № 155 утвержден Перечень научных организаций, в отношении которых РАН осуществляет отдельные полномочия, предусмотренные постановлениями Правительства Российской Федерации от 5.06.2014 № 521 и от 24.12.2018 г. № 1652.

В ведении Кадровой комиссии президиума РАН находится подготовка согласований президиумом РАН кандидатур на должности руководителей научных организаций, указанных в части 9 статьи 18   № 253-ФЗ; кандидатур на должности руководителей научных направлений и научных руководителей научных организаций, указанных в части 12.2 статьи 18 № 253-ФЗ; а также подготовка согласований президентом РАН решений  Минобрнауки  России по вопросам прекращения  полномочий руководителей научных организаций в случае прекращения полномочий в соответствии с пунктом 2 части первой статьи 278 Трудового кодекса Российской Федерации и  назначения исполняющих обязанности руководителей научных организаций.