Научные интересы: научные основы создания интенсивной технологии подземной разработки мощных и средней мощности угольных пластов, методы обоснования рациональных технологических схем и параметров выемки пластов в различных горно-геологических условиях, направления совершенствования технологий подземной добычи угля с учетом особенностей развития научно-технического прогресса, научно-методический подход к вскрытию, подготовке и отработке шахтных полей самостоятельными участками, который используется проектными институтами угольной промышленности и многие другие фундаментальные направления, обогатившие горную науку
под научным руководством Ю. Н. Малышева была проведена работа по созданию Программы реструктуризации угольной отрасли. Всероссийским Съездом горнопромышленников Ю. Н. Малышев избран президентом НП «Горнопромышленники России», объединившей в своих рядах все отрасли минерально-сырьевого и топливно-энергетического комплекса страны, представителей академической, отраслевой и вузовской науки, инвестиционных компаний и банков, работающих с горнодобывающими предприятиями.
Деятельность: профессор кафедры подземной разработки пластовых месторождений МГГУ, участник аттестаций научных кадров высшей квалификации, председатель специализированного совета по защите докторских диссертаций, член редсоветов журналов «Уголь», «БЕРГ-Привилегии», Общественного совета Федеральной службы по экологическому, технологическому и атомному надзору, участник «круглых столов» Комитетов Государственной Думы РФ,
Научные труды: «Проектирование обогатительных фабрик» (М.: Московский издательский дом. – Т. 1. – 490 с., 63 ил., 2009 г.) под ред. В. А. Чантурия.
Награды: орден «За заслуги перед Отечеством» Ш степени
медали: «За доблестный труд», «В ознаменование 100-летия со дня рождения В. И. Ленина», «В память 850-летия Москвы»
лауреат премии СМ СССР, Государственной премии РФ, премии Ленинского комсомола
Заслуженный деятель науки и техники РФ
Офицерский Крест ордена «За заслуги перед Польской республикой», орден «Святого Данилы Московского» П и Ш степеней, Золотая медаль Дизеля, Шахтерская Слава I, II, III степеней, лауреат премии Правительства РФ, орден Св. Сергия Радонежского III степени, Патриарший знак Св. великомученицы Варвары I степени, Орден Почёта.

Ключевые слова

Технологии и комплексная механизации подземной разработки угольных месторождений. Прогнозирование развития угольной промышленности.