А.М. Афанасьев - специалист в области физики твердого тела, диагностики материалов микро- и наноэлектроники методами гамма-резонансной спектроскопии и рентгеновской дифрактометрии. Сфера научной деятельности А.М. Афанасьева: разработка теории когерентного взаимодействия излучения с веществом, разработка рентгеновских методов для диагностики полупроводниковых гетероструктур с нанометровыми слоями, разработаны и реализованы новые теоретические подходы к описанию неравновесной магнитной динамики системы однодоменных частиц, развита теория релаксационных гамма-резонансных спектров магнитных наноматериалов, в том числе под действием высокочастотного магнитного поля, предсказаны новые типы резонансных эффектов, стимулированные релаксацией резонансы в гамма-резонансных спектрах магнитных наноматериалов под действием высокочастотного магнитного поля.; С 1989 г. А.М. Афанасьев является заведующим Лабораторией физики поверхности микроэлектронных структур в Физико-технологическом институте РАН.; Под руководством А.М. Афанасьева защищено 4 докторские и 8 кандидатских диссертаций.; А.М. Афанасьев - автор и соавтор 250 научных работ, из них 1 монографии.; А.М. Афанасьев – лауреат Государственной премии СССР в области науки.; ; Ключевые слова; ; Физика твёрдого тела.; Физика рентгеновских лучей.