Специалист в области изучения социальной структуры общества и социальной мобильности.
Основные научные результаты:
- исследованы устойчивые формы социальной мобильности и, прежде всего, потоки мобильности, формируемые под влиянием изменяющихся социальных институтов
- выдвинута и доказана гипотеза об изменениях в структуре мобильности в российском обществе, принимающей форму многомерных взаимообусловленных перемещений в социальном пространстве
- исследовано влияние культурных факторов на мобильность в разных измерениях, отражающее реальности социокультурной трансформации российского общества
- доказана необходимость изменения основополагающих подходов к изучению мобильности в обществах позднего модерна
- разработана концепция «замещающей мобильности» как одного из сценариев трансформации социальной структуры российского общества, включая становление новых ее элементов – среднего класса, управленцев в негосударственном секторе экономики, работников информационной сферы
- разработана концептуальная основа исследований социальной справедливости, проведены исследования, обосновывающие множественность представлений о справедливости, их ситуационную обусловленность и зависимость от принадлежности к социальной группе
- разработаны новые подходы к комплексному изучению гражданской культуры в российском обществе и система показателей, позволяющая рассматривать гражданскую культуру как продукт структурных характеристик общества, работы его социальных, экономических и политических институтов.

Черныш Михаил Федорович руководил масштабными долговременными международными проектами и, в частности, мониторинговым исследованием «Социальные различия в современном обществе», включающем в себя четыре волны, начиная с 1990 года.
Более 30 лет ведет активную преподавательскую работу, заведует кафедрой общей социологии Государственного академического университета гуманитарных наук, разработал профильные курсы - «Общая социология», «Конструирование инструмента социологического исследования» и др.
Автор 156 научных работ, из них 5 монографий, включая 2 личные.