Научные интересы

Фундаментальные механизмы повреждения ДНК, репарации ДНК и клеточного ответа на генотоксический стресс; связанные с ними патологические процессы; молекулярные и клеточные процессы, протекающие при геномном редактировании; дизайн ферментов и многокомпонентных комплексов биополимеров с заданными функциями и создание молекулярно-биологического инструментария с использованием ферментов репарации ДНК и геномного редактирования. Им открыты новые ферменты репарации ДНК человека, установлены механизмы действия и пространственная структура ряда ферментов репарации. Развита теория о многоступенчатом механизме узнавания ферментами конформационно сложных субстратов. Изучены молекулярные механизмы влияния различных модификаций ДНК на процессы репликации, транскрипции, эпигенетической регуляции и геномного редактирования.

Научные публикации

•‎ Popov A. V., Endutkin A. V., Yatsenko D. D., Yudkina A. V., Barmatov A. E., Makasheva K. A., Raspopova D. Y., Diatlova E. A., Zharkov D. O. Molecular dynamics approach to identification of new OGG1 cancer-associated somatic variants with impaired activity // J. Biol. Chem. – 2021. – V. 296. – Article No. 100229.
•‎ Gruber D. R., Toner J. J., Miears H. L., Shernyukov A. V., Kiryutin A. S., Lomzov A. A., Endutkin A. V., Grin I. R., Petrova D. V., Kupryushkin M. S., Yurkovskaya A. V., Johnson E., Okon M., Bagryanskaya E. G., Zharkov D. O., Smirnov S. L. Oxidative damage to epigenetically methylated sites affects DNA stability, dynamics, and enzymatic demethylation // Nucleic Acids Res. – 2018. – V. 46. – No. 20. – P. 10827–10839.
•‎ Li H., Endutkin A. V., Bergonzo C., Fu L., Grollman A. P., Zharkov D. O., Simmerling C. DNA deformation-coupled recognition of 8-oxoguanine: Conformational kinetic gating in human DNA glycosylase // J. Am. Chem. Soc. – 2017. – V. 139. – No. 7. – P. 2682–2692.
•‎ Li H., Endutkin A. V., Bergonzo C., Campbell A. J., de los Santos C., Grollman A., Zharkov D. O., Simmerling C. A dynamic checkpoint in oxidative lesion discrimination by formamidopyrimidine–DNA glycosylase // Nucleic Acids Res. – 2016. – V. 44. – No. 2. – P. 683–694.
•‎ Kuznetsov N. A., Bergonzo C., Campbell A. J., Li H., Mechetin G. V., de los Santos C., Grollman A. P., Fedorova O. S., Zharkov D. O., Simmerling C. Active destabilization of base pairs by a DNA glycosylase wedge initiates damage recognition // Nucleic Acids Res. – 2015. – V. 43. – No. 1. – P. 272–281.
•‎ Prorok P., Alili D., Saint-Pierre C., Gasparutto D., Zharkov D. O., Ishchenko A. A., Tudek B., Saparbaev M. Uracil in duplex DNA is a substrate for the human nucleotide incision repair pathway // Proc. Natl Acad. Sci. U.S.A. – 2013. – V. 110. – No. 39. – P. E3695–E3703.
•‎ Kirpota O. O., Endutkin A. V., Ponomarenko M. P., Ponomarenko P. M., Zharkov D. O., Nevinsky G. A. Thermodynamic and kinetic basis for recognition and repair of 8-oxoguanine in DNA by human 8-oxoguanine-DNA glycosylase // Nucleic Acids Res. – 2011. – V. 39. – No. 11. – P. 4836–4850.
•‎ Golan G., Zharkov D. O., Feinberg H., Fernandes A. S., Zaika E. I., Kycia J. H., Grollman A. P., Shoham G. Structure of the uncomplexed DNA repair enzyme endonuclease VIII indicates significant interdomain flexibility // Nucleic Acids Res. – 2005. – V. 33. – No. 15. – P. 5006–5016.
•‎ Zharkov D. O., Golan G., Gilboa R., Fernandes A. S., Gerchman S. E., Kycia J. H., Rieger R. A., Grollman A. P., Shoham G. Structural analysis of an Escherichia coli endonuclease VIII covalent reaction intermediate // EMBO J. – 2002. – V. 21. – No. 4. – P. 789–800.
•‎ Rosenquist T. A., Zharkov D. O., Grollman A. P. Cloning and characterization of a mammalian 8-oxoguanine DNA glycosylase // Proc. Natl Acad. Sci. U.S.A. – 1997. – V. 94. – No. 14. – P. 7429–7434.

Премии и награды

•‎ Памятный знак «За труд на благо города» в честь 125-летия со дня основания г. Новосибирска, 2018 г.
•‎ Именная премия администрации Новосибирской области молодым ученым за научные достижения в области фундаментальных и прикладных исследований, 2009 г.
•‎ Почётная грамота Президиума РАН за вклад в развитие производительных сил Сибири, 2007 г.

Персональные профили исследователя

•‎ Web of Science: K-2158-2012.
•‎ Scopus: 6701753351.
•‎ РИНЦ: 130022.
•‎ ORCID: 0000-0001-5013-0194.