Общее управление Программой осуществляет Координационный совет Программы, положение о котором и состав утверждены Правительством Российской Федерации. Координационный совет утверждает детализированный план Программы, сформированный в секциях при Координационном совете Программы. Он служит основным инструментом научно – технологической политики для проведения востребованных научных исследований.

Для оперативного решения текущих вопросов совет формирует президиум совета. Научно-организационное и информационное обеспечение деятельности совета осуществляет ответственный секретарь совета.